Para fazer a configuração do ICMS para as empresas enquadradas no Lucro Presumido e Lucro Real será necessário acessar as configurações dos impostos no módulo Vendas e NF-e e depois, clique no botão ICMS:

Selecione o NCM que será configurado, clicando duas vezes:

Uma lista com todos os estados da federação irá aparecer:

Perceba que abaixo do nome de cada estado há um link, os estados que não tem nenhuma configuração irá aparecer em cinza como "Não preenchido" e para os estados que já estão configurados irá aparecer em azul com alguns dados da configuração.

Basta clicar no link para acessar as configurações:

Você irá preencher as informações:

Para Operações de Venda (ou Revenda):

1 - Clicar no link para incluir as informações complementares que deseja na NF;
2 - Preencher a Situação Tributária do ICMS (CST);
3 - Preencher a Modalidade da Base de Cálculo do ICMS;
4 - Preencher o percentual da Alíquota do ICMS;

Para Operações para Consumo Final e Contribuintes do ICMS:

5 - Clicar no link para incluir as informações complementares que deseja na NF;
6 - Preencher a Situação Tributária do ICMS (CST);
7 - Preencher a Modalidade da Base de Cálculo do ICMS;
8 - Preencher o percentual da Alíquota do ICMS;

Para Operações para Consumo Final e Não Contribuintes do ICMS:

9 - Clicar no link para incluir as informações complementares que deseja na NF;
10 - Preencher a Situação Tributária do ICMS (CST);
11 - Preencher a Modalidade da Base de Cálculo do ICMS;
12 - Preencher o percentual da Alíquota do ICMS;

Para fazer a configuração quando a mercadoria for de origem estrangeira basta clicar no link "Para mercadorias de Origem Estrangeira":

Depois fazer as configurações:

Você irá preencher as informações:

Para Operações de Venda (ou Revenda):

1 - Clicar no link para incluir as informações complementares que deseja na NF;
2 - Preencher a Situação Tributária do ICMS (CST);
3 - Preencher a Modalidade da Base de Cálculo do ICMS;
4 - Preencher o percentual da Alíquota do ICMS;

Para Operações para Consumo Final e Contribuintes do ICMS:

5 - Clicar no link para incluir as informações complementares que deseja na NF;
6 - Preencher a Situação Tributária do ICMS (CST);
7 - Preencher a Modalidade da Base de Cálculo do ICMS;
8 - Preencher o percentual da Alíquota do ICMS;

Para Operações para Consumo Final e Não Contribuintes do ICMS:

9 - Clicar no link para incluir as informações complementares que deseja na NF;
10 - Preencher a Situação Tributária do ICMS (CST);
11 - Preencher a Modalidade da Base de Cálculo do ICMS;
12 - Preencher o percentual da Alíquota do ICMS;

Feitas as configurações clicar em "Salvar".

Para fazer a configuração para operações com clientes do simples nacional basta clicar no link "Para Operações com Clientes do Simples Nacional":

Depois fazer as configurações:

Você irá preencher as informações:

Para Operações de Venda (ou Revenda):

1 - Clicar no link para incluir as informações complementares que deseja na NF;
2 - Preencher a Situação Tributária do ICMS (CST);
3 - Preencher a Modalidade da Base de Cálculo do ICMS;
4 - Preencher o percentual da Alíquota do ICMS;
5 - Preencher o percentual da Alíquota do ICMS para Mercadorias de Origem Estrangeira;

Para Operações de Venda (ou Revenda) para Consumo Final:

6 - Clicar no link para incluir as informações complementares que deseja na NF;
7 - Preencher a Situação Tributária do ICMS (CST);
8 - Preencher a Modalidade da Base de Cálculo do ICMS;
9 - Preencher o percentual da Alíquota do ICMS;
10 - Preencher o percentual da Alíquota do ICMS para Mercadorias de Origem Estrangeira;

Após preencher todas as configurações clicar em "Salvar" e depois em "Confirmar" e a configuração deste estado foi feita. 

É preciso fazer a configuração dos demais estados, para isso basta somente clicar no link de cada estado e fazer o preenchimento da mesma forma que demonstrado acima. 

Porém, não é necessário entrar em estado por estado para fazer essa configuração, há a opção de copiar as configurações de um estado já configurado para os demais estados (Essa opção não se aplica ao estado de origem e ao exterior). 

Basta acessar o estado que está configurado e você verá dois links ao final da página:

O primeiro link ("Copiar essas informações para todos os estados (ou UF)") copia a configuração para todos os estados (exceto o estado de origem e para o exterior) mesmo que algum estado já esteja configurado.

O segundo link ("Copiar apenas para os estados (ou UF) ainda não configurados") copia a configuração somente para os estados que não foram configurados (exceto o estado de origem e para o exterior).

Basta selecionar a opção que deseja e clicar em "Confirmar" e toda a configuração será copiada para os demais estados (Nesse caso o link irá aparecer com as configurações porém na cor cinza).

Após fazer toda a configuração de todos os estados, basta somente sair da tela e clicar em "Salvar". 

Obs.: As configurações dos impostos são feitas por NCM, caso seja necessário configurar uma exceção para um produto, basta selecionar a opção “+ Configurar exceção para um produto” conforme indicado na imagem abaixo, e repetir os passos de configuração mostrado anteriormente. Feito isso, ao realizar uma venda contendo o produto com a exceção o sistema vai considerar a configuração feita para o produto e não mais a que foi feita no NCM. 

Para facilitar, há a opção de copiar a configuração de um NCM para outro, clique aquipara saber como.

IMPORTANTE

Esse manual indica como deve ser o preenchimento dos campos, os valores expressos em cada campo são exemplos ilustrativos. Entre sempre em contato com o seu contador para que ele possa lhe ajudar com o preenchimento das informações pertinentes à sua empresa.

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