Para fazer a configuração do ICMS Interestadual (DIFAL) será necessário acessar as configurações dos impostos no módulo Vendas e NF-e, e depois clique no botão ICMS Interestadual (DIFAL):

Selecione o NCM que será configurado, clicando duas vezes:

Uma lista com todos os estados da federação irá aparecer:

Perceba que abaixo do nome de cada estado há um link. Por se tratar de um imposto incidente nas operações interestaduais o estado de origem (Nesse caso de exemplo, SP) e Exterior aparecem como "Não se aplica", portanto não é necessário fazer a configuração nesses estados. 

Os estados que não estão configurados o link irá aparecer em cinza como "Não Preenchido" e para os estados que já tem configuração o link irá aparecer em azul com alguns dados da configuração. Basta clicar no link para acessar as configurações:

Preencher as informações:

1 - Preencher Informações Complementares para a NF;
2 - Preencher o percentual do Fundo de Combate a Pobreza;
3 - Preencher o percentual da Alíquota Interna do Estado de Destino;
4 - Preencher o percentual da Alíquota Interestadual dos Estados;
5 - Preencher o percentual da Alíquota de Mercadoria de Origem Estrangeira.

Após preencher as informações clicar em "Confirmar" e pronto a configuração deste estado foi feita.

É preciso fazer a configuração dos demais estados, basta somente clicar no link de cada estado e fazer o preenchimento da mesma forma que demonstrado acima. 

Porém, não é necessário entrar em estado por estado para fazer essa configuração, há a opção de copiar as configurações de um estado já configurado para os demais estados (Essa opção não se aplica ao estado de origem e ao exterior). Basta acessar o estado que está configurado e você verá dois links ao final da página:

O primeiro link ("Copiar essas informações para todos os estados (ou UF)") copia a configuração para todos os estados (exceto o estado de origem e para o exterior) mesmo que algum estado já esteja configurado.

O segundo link ("Copiar apenas para os estados (ou UF) ainda não configurados") copia a configuração somente para os estados que não foram configurados (exceto o estado de origem e para o exterior).

Basta selecionar a opção que deseja e clicar em "Confirmar" e toda a configuração será copiada para os demais estados (Nesse caso o link irá aparecer com as configurações porém na cor cinza).

Após fazer toda a configuração de todos os estados, basta somente sair da tela e clicar em "Salvar". Prontinho a configuração do ICMS Interestadual (DIFAL) para o NCM está feita..

Obs.: As configurações dos impostos são feitas por NCM, caso seja necessário configurar uma exceção para um produto, basta selecionar a opção “+ Configurar exceção para um produto” conforme indicado na imagem abaixo, e repetir os passos de configuração mostrado anteriormente. Feito isso, ao realizar uma venda contendo o produto com a exceção o sistema vai considerar a configuração feita para o produto e não mais a que foi feita no NCM.

Para facilitar, há a opção de copiar a configuração de um NCM para outro, clique aqui para saber como.

IMPORTANTE

Esse manual indica como deve ser o preenchimento dos campos, os valores expressos em cada campo são exemplos ilustrativos. Entre sempre em contato com o seu contador para que ele possa lhe ajudar com o preenchimento das informações pertinentes à sua empresa.

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