Acesse o menu suspenso no módulo de Vendas e NF-e, e clique em "Exibir Todas" no grupo de Remessa de Produto:

Na tela das remessas apresentadas, dê um duplo clique no que deseja realizar o processo, e clique em "Cancelar" no menu esquerdo:

Na sequência será exibida uma mensagem de confirmação, conforme indicado na figura abaixo:

Clique no botão "Sim" para confirmar o cancelamento da remessa de produto, preservando todo o histórico

Nesse momento, caso o faturamento já tenha sido realizado e a nota fiscal já esteja gerada, o Omie automaticamente vai cancelar a nota fiscal na Secretaria da Fazenda (SEFAZ), e também gerar movimentos de entrada no estoque, estornando assim os movimentos de saída gerados no momento da emissão de nota fiscal

Por fim, você receberá o seguinte e-mail informando sobre o cancelamento: