Para poder excluir um produto com variação no Mintegra entre no menu de "meus catálogos" > "produtos"
Localize o produto que deseja excluir. Após isso, a direita do produto irá haver três pontinhos clique neles e aperte em "Editar"
Entre na aba de variações >
Entrando nessa aba exclua o produto principal o produto "Pai" das variações clicando na lixeira em vermelho.
Aceite a mensagem de exclusão para o processo ser realizado.
Após isso clique no botão "Salvar" em azul.
Não exclua as outras variações que ficarem em tela pois elas já foram excluídas do "Mint" ao excluir o principal, e seu produto já irá retornar para o catalogo assim que apertar no botão de "Salvar".
Caso queira excluir apenas uma variação especifica do produto acesse o link abaixo e será redirecionado para o tutorial do mesmo.
http://ajuda.omie.com.br/pt-BR/articles/5923366-como-excluir-um-produto-com-variacao