Estoque negativo é quando a quantidade de produtos nos seus estoques está abaixo de zero

Caso queira, no Omie você pode realizar uma configuração que não permitirá que o saldo dos seus produtos fique negativo, assim, toda vez que existir a possibilidade de uma operação (de venda, remessa, devolução, cancelamento ou movimentação manual) deixar o saldo do estoque negativo, o sistema irá bloquear a ação ou não vai permitir a continuidade do processo

1) Após acessar o Painel do Contador, selecione a opção "Passo 4 - Integração Fiscal":

2) Clique em "E - SPED EFD ICMS/IPI", então, marque a opção "Não permitir Saldo Negativo nas movimentações de estoque", e clique em "Salvar e Fechar":

3) Desta maneira, toda operação que movimente estoque e gere um saldo negativo, apresentará uma mensagem como essa e não permitirá sua continuidade:

Caso você queira reverter essa configuração, basta acessar a mesma área de configuração e desmarcar a opção "Não permitir Saldo Negativo nas movimentações do estoque":