Nesse artigo, temos:

Com o cupom já emitido, acesse o Omie.PDV e na tela inicial clique em “F4- Menu fiscal”:
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Dentro do Menu fiscal, altere o procedimento para “Emitir NF-e de Cupom” e selecione o cupom desejado:

Com tudo certo, clique em "Confirmar (F12)" e aguarde a mensagem informando que a remessa foi cadastrada com sucesso:

Após a confirmação, iremos entrar no Omie e acessar as Remessas de Produto. Será apresentada a seguinte tela:

Na tela, você terá a remessa criada pelo Omie PDV! Agora, é só faturar a remessa:
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Dessa forma, você não dá a baixa no estoque duas vezes, como também não gera o financeiro!